本校位於關廟區松腳里；關廟區位於台南市最南端，南隔二仁溪與高雄市阿蓮區、田寮區相連，北邊為台南市新化區，東邊臨界龍崎區，西側則為歸仁區。
本校於日昭和 19 年(1944 年)創設稱為關廟東分教場，經多次改革後於民國 36 年(1947 年)正式改為五甲國民學校，校地總面積達 18797 平方公尺。
五甲即指五甲、東勢、松腳、南花、北花、香洋，古稱「五甲勢」。
目前(109)全校設有普通班 27 班，特教班 1 班及幼稚班 1 班，共 29 班，全校師生共約 700 人。本校除致力推廣閱讀教育外亦鼓勵學生參與各社團。在體育的社團方面羽球團隊、田徑隊及民俗技藝團隊如扯鈴隊、舞獅隊及音樂團隊合唱團、直笛隊多次在競賽榮獲佳績，國樂社團—二胡及梆笛， 107 年更成立絲竹團及機器人課後社團，給學生多元學習的機會，學生學習成效良好，多次獲邀參加表演。
